Tujuan utama penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh penggunaan suplemen bahan ajar (SBA) Biologi berorientasi siklus belajar terhadap penguasaan konsep, penalaran, dan keterampilan inkuiri siswa SMP. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan rancangan Non-equivalent Control Group Design yang melibatkan 2 kelas dengan jumlah siswa 74 orang. Data tentang penguasaan konsep diases menggunakan tes objektif diperluas, sedangkan data penalaran siswa dan keterampilan inkuiri diases dengan tes uraian, tes kinerja dan portofolio. Data respon siswa terhadap pembelajaran diases dengan kuesioner. Untuk menguji signifikansi perbedaan pengaruh penggunaan SBA Biologi berorientasi siklus belajar dengan tanpa SBA (konvensional) digunakan analisis kovarian multivariat (Mancova). Hasil penelitian menunjukkan adanya perbedaan signifikan (p=0,013) antara penggunaan SBA Biologi berorientasi siklus belajar dengan pembelajaran konvensional terhadap penguasaan konsep, penalaran, dan keterampilan inkuiri siswa SMP